Sistem belajar dilaksanakan sehari penuh (fullday) pukul 06.45 – 15.15 WIB. Namun sebelum pelaksaan pembelajaran di dalam kelas, dilaksanakan apel pagi terlebih dahulu mulai pkl 06.30. Selama proses pembelajaran tersebut, siswa dibimbing untuk memiliki karakter dan pengetahuan yang sejalan dengan visi SMA Hang Tuah 5 Candi-Sidoarjo.
“Mengembangkan peserta didik beriman, berkarakter, berprestasi, dan berwawasan bahari.”
Setiap tahun SMA Hang Tuah 5 Candi-Sidoarjo menerima siswa dari beberapa agama, diantaranya Islam, Kristen, Katolik, dan Hindu.
Pembentukan karakter siswa SMA Hang Tuah 5 Candi-Sidoarjo dibiasakan mulai dari siswa memasuki dan keluar dari gerbang sekolah dengan berbaris dipimpin oleh seorang danton, melakukan presensi kehadiran dengan fingerprint (presensi kehadiran ini akan langsung terkirim via SMS ke HP orangtua dan wali kelas sebagai bentuk control kehadiran siswa), pelaksanaan upacara bendera hari senin dan hari nasional, apel agi (hari selasa-kamis), salam ketika bertemu dengan Bapak/Ibu guru, tamu yang hadir ke sekolah, serta kakak kelas. Untuk memperkuat karakter siswa SMA Hang Tuah 5 Candi-Sidoarjo maka dalam kurikulum terdapat program Laboratorium Kepemimpinan yang meliputi program literasi dan baris-berbaris (PBB).
Pembelajaran di kelas dilaksanakan berpusat kepada siswa (student center), dengan mengembangkan keterampilan abad 21 yang meliputi critical thinking, collaboration, communication, dan creativity.
Sebagai bentuk keberhasilan, berbagai prestasi baik akademik maupun nonakademik telah ditorehkan oleh siswa SMA Hang Tuah 5 Candi-Sidoarjo padaa tingkat regional maupun nasional.
Mata pelajaran Kebaharian merupakan mata pelajaran khas yang diajarkan di lingkup Yayasan Hang Tuah. Di SMA Hang Tuah 5 Candi-Sidoarjo mata pelajaran kebaharian diajarkan mulai dari kelas X sampai dengan kelas XII, alokasi waktu pembelajaran sebesar 1 JP (45 menit).
