SMA Hang Tuah 5 Sidoarjo menjalin kerjasama dengan Perguruan Tinggi dan Instansi Terkait sebagai berikut :

1. Bimbingan Olimpiade Sains (Matematika, Fisika, Kimia, dan Biologi) dengan FMIPA ITS dan FMIPA Unesa.
2. OS2HT (Olimpiade Sains SMA Hang Tuah) Tingkat Nasional yang dilakukan oleh yayasan Hang Tuah bekerjasama dengan Penerbit Erlangga.
3. English Competition (Olimpiade Bahasa Inggris) Tingkat Nasional yang dilakukan oleh yayasan Hang Tuah bekerjasama dengan Oxford.